Fue construido en estilo manuelino. El edificio que existe hoy en día es el resultado de trabajos dirigidos por Marcos Pires y terminados por Diogo de Castilho. La Capilla fue sometido a pequeñas reformas en los siglos 17 y 18.
La capilla real dedicada a San Miguel fue también la sede de la Hermandad de Profesores y Estudiantes bajo la advocación de Nuestra Señora de la Luz. Su estructura arquitectónica es manuelino, un estilo decorativo principalmente visible en los grandes ventanales de la nave y el crucero.
Cuando la Universidad adquirió el Palacio también adquirió la Capilla, manteniendo su privilegio real. El piso de baldosas de los principales capilla data de 1613, y el pasillo está cubierto con "alfombra", como baldosas que fueron fabricados en Lisboa. La pintura del techo fue hecha por Francisco F. de Araújo a finales del siglo 17. Más tarde fue renovado y el escudo de armas fue modernizada.
El órgano barroco está decorado con motivos chinos similares a las presentes en los estantes de la biblioteca barroca. Este órgano data de 1737 y cuenta con unos 2.000 tubos. Su adquisición fue patrocinado por el rey Juan V. El órgano sigue funcionando.
Visitas
Todos los días | Empieza en el día 1 de agosto hasta el 30 de Septiembre 2020
• Biblioteca Joanina: 09:40 - 13:00 y 14:00 - 17:00 (última entrada a las 16:40);
• Capilla: 10:00 - 18:00 (sin pausa de almuerzo);
• Palacio Real: 10:00 - 18:00 (sin pausa de almuerzo);
• Tienda - Facultad de Derecho: 10:00 - 13:00 e 14:00 - 17:45;
• Taquilla: 09:30 - 17:45 (sin pausa de almuerzo);
• Tienda nueva: 09:30 - 17:45 (sin pausa de almuerzo);
• Exposición Da Vinci: 10:00 - 18:00 (sin pausa de almuerzo);
• Museo de la Ciencia (Laboratório Chimico y Colégio de Jesus) - 10:00 - 13:00 y 14:00 - 18:00.
