Constituído pelo antigo tesouro da Sé, este museu exibe colecções de imagens, paramentos litúrgicos, alfaias de culto, livros de coro e mobiliário. Entre as valiosas peças que integram a colecção destacam-se dois cofres-relicários do século XIII em cobre esmaltado da Escola de Limoges, peças únicas em Portugal, e uma custódia lavrada em 1533, que pertenceu ao famoso bispo e humanista D. Miguel da Silva e é uma das peças mais valiosas de arte sacra portuguesa.
Seis pormenores que não pode deixar de apreciar na Sé de Viseu:
A capela-mor do século XVII, desenhada por frei João Turriano, que alberga um retábulo barroco de 1731; este substituiu o retábulo quinhentista cujas pinturas se encontram actualmente expostas no Museu Grão Vasco;
O magnífico claustro de linhas clássicas, que convida à meditação;
A Capela dos Santos Brancos, com um admirável retábulo quinhentista em pedra de Ançã e uma Pietá do mestre João de Ruão;
A capela quatrocentista do Calvário;
Os painéis de azulejos com episódios da vida de S. Teotónio nas galerias do claustro;
As salas capitulares, do segundo piso do claustro, com magníficos tetos mudéjares apainelados e azulejos do século XVIII, executados por Manuel da Silva.